Le minuscule Kirikou naît dans un village d'Afrique sur lequel la sorcière Karaba, entourée de ses redoutables fétiches, a jeté un terrible sort : la source est asséchée, les villageois rançonnés, les hommes sont kidnappés et disparaissent mystérieusement.
Kirikou, sitôt sorti du ventre de sa mère, veut délivrer le village de l'emprise maléfique de Karaba et découvrir le secret de sa méchanceté.